На 1-ви октомври 1888 г. е основан е Софийският университет „Св. Климент Охридски“ – най-старото и най-голямо висше училище в България.
Според световната класация на университетите към 2020 г. Алма Матер е между 601-во и 650-о място. През 19-ти век университетът е създаден като Висш педагогически курс. Централната част на сградата на СУ на стойност 6 млн. златни лева е построена с дарение на братята Евлоги и Христо Георгиеви, чиито скулптури красят нейната фасада. Първият ректор на Софийския университет е акад. Александър Теодоров-Балан.
През 1880 г. Министерството на просвещението на току-що възстановената българска държава внася в Народното събрание проект за Основен закон за училищата, чиято идея е да се създаде българско висше училище, което да приема завършилите обучението си в реалните и класическите гимназии. Едва през 1887 г. е издадена наредба от министъра на просвещението Тодор Иванчов за откриване на педагогически клас към Първа мъжка гимназия в София. Във временния правилник е предвидено функционирането само на историко-филологическо отделение.
На заседанието си от 8-ми декември 1888 г., отчитайки доброто начало на Висшия педагогически курс, Народното събрание взема решение и приема закон за преобразуването му във Висше училище. На 29-ти януари 1889 г. в присъствието на Иван Шишманов, представител на Министерство на народното просвещение, е избран първият ректор на висшето училище – Александър Теодоров-Балан – измежду първите му седем преподаватели – т. нар. „нови седмочисленици“, сред които Любомир Милетич, Иван Георгов и Никола Михайловски. През 1904 г. е преименуван на университет.
На 3-ти януари 1907 г. група студенти организира демонстрация срещу княз Фердинанд пред Народния театър. На следващия ден – 4-ти януари – Министерският съвет постановява указ, който нарежда закриването на университета за срок от 6 месеца и уволняването на всички професори, доценти и лектори. Проф. Иван Шишманов, който е един от законотворците на кодекса за автономия на университета, подава оставка като министър на просветата. На негово място идва Никола Апостолов, който постановява откриването на университета със „съвършено нови преподаватели“. Академичната 1907/1908 г. започва с преподаватели чужденци и довчерашни гимназиални учители. Събитията имат своя отзвук в обществото и последвалата реакция е много показателна. По думите на доц. Тодор Попнеделев, зам.-декан на историческия факултет, при 70 души преподаватели се записват 7 студенти. Университетът отново отваря врати едва в края на януари през следващата 1908 г., само няколко седмици след сформирането на ново правителство на Демократическата партия ръководено от Александър Малинов, което възстановява старите преподаватели.
По време на Втората световна война, след голямата бомбардировка над София на 10-ти януари 1944 г., университетът е евакуиран в Ловеч.
До 1944 г. мандатът на ректорите е една година, без право на последователно избиране. От 1944 г. мандатът на ректорите е две години с право на последователно избиране, но без право на трети мандат. От края на 60-те години и началото на 70-те години мандатът на ректорите е четири години с право на последователно избиране, но без право на трети мандат.
Към 2021 г. броят на ректорските мандати е 84, а на ректорите – 56.