На 4-ти септември 1992 г. Тодор Живков е осъден от Върховния касационен съд на България на 7 г. затвор и парична глоба за злоупотреба с държавни средства, но след смъртта му всички обвинения срещу него отпадат.
Живков е арестуван на 18-ти януари 1990 г. и е обвинен в редица престъпления. През юли 1990 г. мярката му за неотклонение „задържане под стража“ е заменена с „домашен арест“. Главната прокуратура започва срещу него 5 дела.
През 1990 г. е образувано дело за насилствената смяна на имената на българските турци и принудителното им изселване от 1984 г. до 1989 г. В периода до 1998 г. Върховният съд връща делото 4 пъти за доразследване във Военната прокуратура.
На 25-ти февруари 1991 г. започва процес за незаконно раздаване на апартаменти, коли и представителни пари от УБО. На 4-ти септември 1992 г. Върховният съд го признава за виновен и го осъжда на 7 г. лишаване от свобода и да върне на държавата 7 млн. лева. През януари 1994 г. присъдата е потвърдена. На 9 февруари 1996 г. общото събрание на наказателните колегии отменя присъдата му.
На 8-ми юни 1993 г. е образувано делото за т.нар. „лагери на смъртта“.
Привлечен е като обвиняем и по делото (Дело № 3) за отпускане на несъбираеми кредити и помощи на развиващи се държави, заедно с още 21 бивши заместник-председатели на Министерския съвет и секретари на ЦК на БКП.
Обвинен е и по т.нар. дело „Фонд Москва“ (Дело № 2) за подпомагане на международното комунистическо движение.
Делата срещу Тодор Живков са прекратени с неговата смърт.
Тодор Живков умира на 5-ти август 1998 година в София. Според официалната информация на БТА, той издъхва в 20:05 след триседмична мозъчна кома. Правителството отхвърля настояванията на семейството му и на Българската социалистическа партия той да бъде погребан с държавни почести.